Le microbiote humain a passablement évolué depuis l'Antiquité et ce n'est pas une bonne nouvelle
Des centaines de bactéries qui peuplaient les intestins de nos ancêtres sont désormais de plus en plus rares. Ce changement aurait des répercussions sur notre système immunitaire, en particulier dans les pays industrialisés..
Le microbiote humain, composé de milliards de bactéries, virus et champignons vivant dans nos intestins, a considérablement changé depuis l'Antiquité. Autrefois considéré comme un écosystème stable, il s'est transformé avec l'industrialisation de l'alimentation. Une étude publiée en octobre 2026 dans la revue Nature révèle que 600 espèces de bactéries autrefois courantes sont désormais rares ou absentes. Ces micro-organismes, souvent bénéfiques pour la santé, jouaient un rôle clé dans le système immunitaire. Leur disparition pourrait favoriser l'apparition de maladies comme les allergies ou la démence. Les chercheurs soulignent que cette évolution est particulièrement marquée dans les pays industrialisés.
L'alimentation a profondément modifié la composition du microbiote au fil des millénaires. Il y a des centaines de milliers d'années, la cuisson des aliments a influencé la flore intestinale. Puis, il y a environ 10 000 ans, l'agriculture a introduit de nouveaux aliments, entraînant une nouvelle transformation. Cependant, le changement le plus significatif est récent : la consommation massive d'aliments riches en sucre et en céréales raffinées. Parallèlement, l'usage massif d'antibiotiques depuis les années 1970 a détruit des bactéries utiles au système immunitaire. Ces pratiques ont réduit la diversité microbienne, passant de 730 espèces chez un Hadza moyen à seulement 270 chez un Californien moyen.
Pour comprendre l'évolution du microbiote, les chercheurs ont étudié des populations aux modes de vie variés, comme les Hadza, un peuple de chasseurs-cueilleurs en Tanzanie. Leurs analyses ont révélé une grande diversité bactérienne, avec 730 espèces en moyenne, contre 270 pour un Californien. En comparant ces résultats avec ceux d'autres groupes similaires, comme les Tsimane d'Amazonie, les scientifiques ont identifié 848 espèces communes aux deux populations. Ces bactéries, rares ou absentes dans les pays industrialisés, peuplaient déjà les intestins des chasseurs-cueilleurs il y a des dizaines de milliers d'années.
Les bactéries ancestrales, présentes dans le microbiote des chasseurs-cueilleurs, ont probablement joué un rôle crucial dans le développement du système immunitaire humain. Leur disparition dans les sociétés modernes pourrait expliquer l'augmentation de certaines maladies chroniques. Justin Sonnenburg, professeur de microbiologie à l'université Stanford et coauteur de l'étude, souligne que notre microbiote actuel diffère de celui attendu par notre génome. Michael Gurven, anthropologue à l'université de Californie, suggère que ce microbiote ancestral protège les Tsimane contre des maladies comme les maladies cardiaques. Les chercheurs ignorent encore comment ces 600 microbes agissent sur notre santé.
