Licenciement pour absences maladie : l'échec de l'employeur à justifier la désorganisation ne suffit pas à caractériser une discrimination. Par Noémie Le Bouard, Avocat.

Un salarié peut être licencié pour des absences répétées ou prolongées liées à son état de santé, mais uniquement si ces absences perturbent objectivement le fonctionnement de l’entreprise et rendent nécessaire son remplacement définitif. Cette possibilité est encadrée par l’article L1132-1 du Code du travail, qui interdit les licenciements fondés directement sur l’état de santé. L’arrêt du 9 septembre 2026 de la Cour de cassation rappelle que la désorganisation de l’entreprise doit être prouvée par l’employeur, sous peine de voir le licenciement considéré comme injustifié. Dans l’affaire étudiée, une salariée en arrêt maladie depuis près de deux ans (entre le 28 janvier 2019 et le 29 septembre 2020) a été licenciée le 7 janvier 2021 pour désorganisation, mais l’employeur n’a pas réussi à démontrer cette perturbation ni le remplacement définitif.

La Cour de cassation distingue clairement deux types de contrôles dans un licenciement pour absences maladie : celui de la cause réelle et sérieuse (justification du motif invoqué) et celui de la discrimination (influence de l’état de santé sur la décision). Le premier vérifie si l’employeur a bien prouvé la désorganisation et le remplacement définitif, tandis que le second examine si l’état de santé a joué un rôle dans la rupture, même indirectement. L’arrêt du 9 septembre 2026 souligne que l’échec de l’employeur à prouver la désorganisation ne suffit pas à établir une discrimination. Ces deux contrôles sont indépendants et ne peuvent être confondus, car ils relèvent de régimes juridiques distincts.

Le régime probatoire de la discrimination repose sur une preuve en deux temps, imposée par l’article L1134-1 du Code du travail. D’abord, le salarié doit présenter des éléments de fait laissant supposer une discrimination (par exemple, des incohérences dans la justification de l’employeur ou des déclarations suspectes). Ensuite, si cette présomption est établie, l’employeur doit prouver que sa décision repose sur des éléments objectifs étrangers à toute discrimination. L’arrêt du 9 septembre 2026 rappelle que l’employeur ne peut être contraint de justifier l’absence de discrimination avant que le salarié n’ait franchi ce premier seuil. La cour d’appel de Grenoble avait inversé cette chronologie, ce que la Cour de cassation a corrigé.

Pour qu’un licenciement pour absences maladie soit valable, l’employeur doit démontrer que les absences ont provoqué une perturbation objective du fonctionnement de l’entreprise, rendant nécessaire un remplacement définitif du salarié dans un délai raisonnable. Cette exigence, issue d’une jurisprudence ancienne, vise à éviter que le licenciement ne soit utilisé comme un moyen détourné pour écarter un salarié en raison de son état de santé. Dans l’affaire étudiée, l’employeur n’a pas réussi à prouver ni la perturbation ni le remplacement définitif, ce qui a rendu le licenciement injustifié. La Cour de cassation précise que l’absence de preuve de ces conditions n’équivaut pas à une preuve de discrimination.

L’échec de l’employeur à prouver la désorganisation ou le remplacement définitif a deux conséquences distinctes selon le type de contrôle exercé. Si le motif invoqué n’est pas établi, le licenciement est considéré comme dépourvu de cause réelle et sérieuse, ce qui ouvre droit à des indemnités pour le salarié (licenciement injustifié). En revanche, si le salarié souhaite contester le licenciement pour discrimination, il doit d’abord présenter des éléments laissant supposer que son état de santé a influencé la décision. L’arrêt du 9 septembre 2026 rappelle que la nullité du licenciement pour discrimination ne peut être déduite du seul échec de l’employeur à prouver la désorganisation. La qualification juridique du licenciement détermine donc directement le régime indemnitaire applicable.