Comment obtenir un congé de longue maladie dans la fonction publique ? Par Marie Cochereau, Avocate.
Vous êtes arrêté depuis plusieurs mois et votre service vous annonce que vos droits à congé de maladie ordinaire vont s'épuiser. Personne ne vous explique comment demander un congé de longue maladie, qui décide, ce que vous percevrez, ni ce que vous pouvez faire en cas de refus.
Le congé de longue maladie (CLM) est accessible aux fonctionnaires sous trois conditions cumulatives : l’impossibilité d’exercer ses fonctions actuelles, la nécessité de soins prolongés et un caractère invalidant de la maladie. Contrairement aux idées reçues, la liste de 1986 des affections éligibles n’est pas une condition obligatoire, mais seulement indicative. Depuis le 1er février 2022, les affections non listées ne nécessitent plus l’avis du conseil médical supérieur, simplifiant les démarches. Le CLM est réservé aux fonctionnaires, les agents contractuels relevant du congé de grave maladie. Depuis le 1er mars 2025, il est financièrement avantageux de demander un CLM dès le début, car le congé de maladie ordinaire n’est rémunéré qu’à 90 % pendant trois mois, puis à 50 %, contre 100 % la première année pour le CLM.
Pour demander un CLM, le fonctionnaire doit envoyer une demande à son employeur accompagnée d’un certificat médical attestant de l’éligibilité. Ce certificat peut provenir de n’importe quel médecin, pas uniquement du médecin traitant. Le dossier médical est transmis directement au président du conseil médical par le médecin, sans passer par les ressources humaines. La date de dépôt de la demande est cruciale, car elle détermine les délais légaux. Si la demande est faite pendant un congé de maladie ordinaire, le CLM est rétroactif à la première constatation médicale de la maladie, avec remboursement des mois précédemment mal rémunérés. L’administration doit saisir le conseil médical, sous peine d’illégalité pour inertie. Le fonctionnaire dispose de droits procéduraux importants, comme consulter son dossier ou être accompagné lors de la séance.
Le CLM dure jusqu’à trois ans, de manière continue ou discontinue, avec une reprise d’un an de fonctions requise pour un nouveau congé. Depuis le 1er septembre 2026, les périodes de CLM sont limitées à six mois, sur présentation d’un avis médical, sans durée minimale. Après la première année à plein traitement, la rémunération passe à 60 % dans la fonction publique de l’État (contre 50 % dans les autres fonctions publiques). Les primes sont maintenues à 33 % la première année, puis à 60 % les deux suivantes dans la fonction publique de l’État. Le fonctionnaire doit respecter plusieurs obligations : ne pas travailler, signaler tout changement de domicile ou absence supérieure à deux semaines, et se soumettre aux visites de contrôle. Depuis juillet 2026, un contrôle administratif de présence au domicile peut être effectué, avec interruption de la rémunération en cas d’absence injustifiée.
Si le conseil médical rend un avis défavorable, le fonctionnaire peut le contester dans un délai de deux mois devant le conseil médical supérieur. La saisine n’est pas suspensive, mais l’employeur doit prendre une décision provisoire. En cas de refus définitif, le fonctionnaire peut attaquer la décision de l’administration par un recours gracieux puis un recours pour excès de pouvoir dans les deux mois. Les motifs de contestation les plus efficaces concernent souvent des erreurs de procédure plutôt que des désaccords médicaux. Si le fonctionnaire est privé de traitement, un référé-suspension peut être envisagé. Depuis 2026, le recours au conseil médical supérieur est fermé si l’avis initial a été rendu conformément aux conclusions du médecin agréé.
À l’issue du CLM, le fonctionnaire peut reprendre ses fonctions avec un certificat médical d’aptitude, sauf si son poste nécessite des conditions de santé particulières ou s’il a été placé en congé d’office. L’employeur doit rechercher un poste adapté, sous peine de voir le CLM se poursuivre ou être renouvelé. Le temps partiel thérapeutique, remanié en août 2026, permet une reprise progressive avec un traitement intégral et une quotité minimale de mi-temps. En fin de droits, le fonctionnaire est reclassé, mis en disponibilité d’office ou admis à la retraite pour invalidité, après avis du conseil médical. Le reclassement est une obligation pour l’employeur, et son inexécution peut vicier les décisions ultérieures.
Pour maximiser ses chances d’obtenir un CLM, il est conseillé de faire la demande tôt, sans attendre l’épuisement des droits à congé de maladie ordinaire. La demande doit être formalisée par écrit avec accusé de réception et décrire précisément les fonctions exercées. Les pièces médicales doivent être transmises directement par le médecin à l’administration. Il ne faut pas se laisser dissuader par la liste de 1986, qui est indicative. Le fonctionnaire doit demander la communication de son dossier et déposer des observations écrites avant la séance du conseil médical. En cas de refus, il doit réagir dans les deux mois, d’abord par un recours gracieux, puis par un recours pour excès de pouvoir, voire un référé-suspension si nécessaire.
