Salarié en arrêt maladie depuis plusieurs semaines ou mois : que faire… et surtout ne pas faire ?

En France, un arrêt maladie peut durer plusieurs semaines ou mois, mais il est encadré par des règles strictes. Le Code du travail impose au salarié de transmettre un certificat médical à son employeur sous 48 heures, sauf cas exceptionnels. Pour les arrêts de plus de 6 mois, l'employeur peut demander une visite de contrôle par un médecin agréé, généralement tous les 3 mois. Ces visites visent à vérifier l'état de santé du salarié et à évaluer sa capacité à reprendre le travail. Si l'arrêt dépasse 3 ans, l'employeur peut engager une procédure de licenciement pour inaptitude, mais cela reste rare et soumis à des conditions strictes. Les indemnités journalières (IJ) versées par la Sécurité sociale couvrent environ 50 % du salaire brut, dans la limite d'un plafond. Le complément employeur, souvent prévu par la convention collective, peut porter ce taux jusqu'à 90 % du salaire net pendant les 3 premiers mois. Passé ce délai, ce complément peut diminuer ou disparaître selon les accords d'entreprise.

Le salarié en arrêt maladie conserve des obligations envers son employeur, même s'il est absent. Il doit rester joignable pendant les horaires de travail habituels et répondre aux sollicitations de l'employeur ou de la CPAM (Caisse Primaire d'Assurance Maladie). Il est interdit de travailler pour un autre employeur ou de réaliser des activités professionnelles rémunérées pendant l'arrêt, sous peine de sanctions pouvant aller jusqu'au remboursement des indemnités perçues et à un licenciement pour faute grave. L'employeur, de son côté, doit maintenir le salaire du salarié pendant la durée légale de l'arrêt, selon les règles de la convention collective ou du contrat de travail. Il peut aussi proposer un mi-temps thérapeutique ou un aménagement de poste si le médecin traitant l'autorise. En revanche, il ne peut pas licencier un salarié en arrêt maladie pour ce motif seul, sauf si l'inaptitude est médicalement constatée et que l'employeur a tout mis en œuvre pour reclasser le salarié.

La CPAM (Caisse Primaire d'Assurance Maladie) joue un rôle central dans le suivi des arrêts maladie. Elle peut organiser des contrôles aléatoires pour vérifier la réalité de l'arrêt, notamment en cas de suspicion de fraude. Ces contrôles peuvent prendre la forme d'une visite à domicile ou d'un rendez-vous médical. Si la CPAM estime que l'arrêt n'est pas justifié, elle peut suspendre le versement des indemnités journalières et demander le remboursement des sommes perçues indûment. Le salarié a alors 10 jours pour contester cette décision. En cas de désaccord persistant, le litige peut être porté devant le Tribunal des Affaires de Sécurité Sociale (TASS). La CPAM peut aussi exiger un examen médical par un médecin agréé pour confirmer ou infirmer l'arrêt maladie. Ces contrôles sont plus fréquents pour les arrêts prolongés, notamment au-delà de 6 mois.

Lorsque le salarié envisage un retour progressif au travail, il doit obtenir un certificat de reprise partielle de son médecin traitant. Ce certificat précise les horaires ou les tâches adaptées à son état de santé. L'employeur est tenu de respecter ces aménagements, sauf si cela met en péril son activité ou celle de l'équipe. Si le salarié ne peut pas reprendre son poste initial, l'employeur doit lui proposer un autre poste adapté à ses capacités, avec le même salaire ou un salaire équivalent. En cas de désaccord sur les conditions de reprise, le salarié peut saisir le médecin du travail, qui rendra un avis médical. Si l'employeur refuse les aménagements, le salarié peut saisir les prud'hommes pour faire valoir ses droits. La reprise progressive est souvent une solution pour éviter un licenciement pour inaptitude, surtout après un arrêt long.

Un licenciement pour inaptitude est possible après un arrêt maladie prolongé, mais il est encadré par la loi. L'employeur doit d'abord tenter de reclasser le salarié dans un autre poste, adapté à ses capacités. Si aucun poste n'est disponible, il peut licencier le salarié, mais doit lui verser une indemnité de licenciement dont le montant dépend de son ancienneté. En 2026, l'indemnité légale minimale est de 1/4 de mois de salaire par année d'ancienneté pour les 10 premières années, puis 1/3 au-delà. Cependant, les conventions collectives prévoient souvent des montants plus favorables. Une autre alternative est la rupture conventionnelle, qui permet au salarié et à l'employeur de se mettre d'accord pour mettre fin au contrat à l'amiable, avec des indemnités négociées. Cette solution évite un licenciement et permet au salarié de bénéficier d'allocations chômage.