Facturation électronique : ce que la réforme change à la pratique contractuelle des entreprises. Par Morgan Jamet et Haia El Zufari, Avocats.

La réforme sur la facturation électronique impose aux grandes entreprises et aux ETI (entreprises de taille intermédiaire) d'émettre leurs factures sous format électronique dès le 1er septembre 2026. Cette obligation s'étendra aux PME et TPE (petites et moyennes entreprises, très petites entreprises) pour l'émission à partir du 1er septembre 2027. L'objectif est de moderniser les échanges commerciaux en France et de renforcer la traçabilité des transactions. La pression est forte car cette échéance marque la fin d'un délai de transition, avec des sanctions possibles en cas de non-respect des nouvelles règles.

La facture n'est pas seulement un document comptable : elle constate une créance, déclenche les délais de paiement et sert de preuve en cas de litige. Elle peut aussi être contestée par le client à sa réception. Avec la réforme, son rôle devient encore plus stratégique car elle transite désormais par des plateformes agréées, avec des statuts horodatés (dépôt, mise à disposition, rejet, etc.). Ces statuts, bien que techniques, peuvent influencer le règlement de différends commerciaux, notamment en cas de refus ou de retard de paiement.

Avant la réforme, les factures pouvaient être envoyées par courriel ou voie postale, sous forme papier ou dématérialisée. Désormais, elles doivent transiter par une plateforme agréée par l'administration fiscale, qui agit comme un point de passage obligé. Les factures doivent respecter un format structuré et comporter des mentions obligatoires dans des champs dédiés. Les échanges entre entreprises ne se feront plus uniquement entre personnes, mais via un système traçable, avec des étapes et des statuts normalisés. Un exemple : une facture incomplète sera bloquée en cours de route, alors qu'elle aurait pu être payée auparavant.

La réforme introduit des statuts normalisés pour les factures, comme dépôt, mise à disposition, rejet ou encaissement. Ces statuts sont horodatés et certains sont obligatoires, tandis que d'autres sont laissés à la discrétion des plateformes. Ils peuvent devenir des éléments clés dans les litiges, par exemple pour contester une facture ou déterminer le point de départ des délais de paiement. Cependant, la loi ne précise pas comment articuler ces nouveaux mécanismes avec les procédures de contestation existantes, laissant un vide que les contrats devront combler.

Avec la réforme, les données d'encaissement seront remontées à l'administration fiscale via les plateformes agréées. L'objectif affiché est de mieux faire respecter les délais de paiement, déjà encadrés par la loi (plafonnés à 60 jours ou 45 jours fin de mois). La DGCCRF (Direction générale de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes) mène des contrôles actifs sur ces délais, pouvant entraîner des amendes lourdes (jusqu'à plusieurs millions d'euros) et publiées systématiquement. La réforme vise donc à réduire les retards de paiement et à faciliter les contrôles fiscaux.

Les plateformes agréées jouent un rôle central dans ce nouveau système : elles identifient les entreprises auprès de l'administration, transmettent les factures et les données de paiement à la DGFiP (Direction générale des finances publiques). Chaque entreprise peut choisir librement sa plateforme, mais celle-ci reste un prestataire informatique. L'agrément, valable trois ans, ne garantit ni sa pérennité ni la qualité de son service. En cas de manquement, des sanctions sont prévues (amende de 50 € par facture, plafonnée à 45 000 € par an). Les entreprises doivent donc encadrer contractuellement leur relation avec la plateforme, notamment en définissant des niveaux de service et des responsabilités.

La relation entre fournisseur et client devient une chaîne impliquant plusieurs acteurs : le fournisseur, sa plateforme agréée, la plateforme du client, le client lui-même, et enfin le concentrateur de données de l'administration, qui sert aussi d'annuaire central. Chaque maillon peut défaillir, par exemple en cas d'erreur d'adressage ou d'indisponibilité technique. Les textes organisent les conséquences fiscales de ces défaillances, mais pas leurs impacts civils ou commerciaux. Les entreprises doivent donc prévoir dans leurs contrats des clauses pour répartir les risques, comme des procédures dégradées ou des obligations d'alerte réciproque.

Entre septembre 2026 et septembre 2027, deux catégories d'entreprises coexisteront : celles qui émettent et reçoivent des factures électroniques (grandes entreprises et ETI) et celles qui ne reçoivent que des factures électroniques (PME et TPE). Cette période transitoire est risquée, car les entreprises devront probablement maintenir un double canal (électronique et papier) pour éviter les ruptures. Les erreurs possibles incluent des doublons de factures ou des avoirs circulant sur un canal différent de la facture initiale. Chaque entreprise doit adapter ses contrats et ses procédures internes pour sécuriser ses échanges.

Les contrats actuels des entreprises risquent d'être inadaptés à la nouvelle réalité de la facturation électronique. Les clauses existantes ne prévoient pas de réponses aux problèmes techniques ou opérationnels liés à ce changement. Les entreprises doivent donc anticiper ces enjeux en révisant leurs contrats, par exemple en ajoutant une annexe dédiée à la facturation électronique. Cette annexe peut définir des procédures dégradées, des neutralisations de pénalités en cas de retard imputable à un intermédiaire technique, ou des obligations d'alerte réciproque. L'objectif est d'éviter des contentieux inutiles et de sécuriser le recouvrement des créances.