Anthropic a trouvé un système inconnu dans l’ADN de bactériophages, mais ne sait pas trop ce qu’il fait vraiment

Anthropic, une entreprise américaine spécialisée dans l'intelligence artificielle, a annoncé le 23 septembre 2026 que son modèle d'IA Claude a identifié un système enzymatique inconnu dans l'ADN des bactériophages. Ce système, baptisé ART (pour array-associated reverse transcriptases), se compose d'une transcriptase inverse (une enzyme qui copie l'ARN en ADN), d'un gène partenaire dont la fonction reste inconnue, et d'une longue série de séquences d'ADN répétées. Ces répétitions évoquent un système similaire au CRISPR, une technique de découpe de l'ADN utilisée en biotechnologie et en médecine. Cependant, Anthropic reconnaît ne pas encore comprendre le rôle exact de ce système. La découverte a été réalisée grâce à une analyse automatisée massive : environ 950 agents autonomes de Claude ont examiné près de 2 milliards de groupes de protéines en seulement 21 heures, un travail qui aurait pris des semaines, voire des mois, à des humains.

Le CRISPR (pour Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) est un système naturel présent dans certaines bactéries, qui fonctionne comme un « ciseau génétique ». Il utilise une enzyme appelée Cas9 pour découper l'ADN à un endroit précis, permettant ainsi de modifier des gènes. Découvert dans les années 2000, ce mécanisme a révolutionné la biotechnologie et la médecine, notamment en thérapie génique. Il a été récompensé par le prix Nobel de chimie en 2020, décerné à Emmanuelle Charpentier et Jennifer Doudna. Cependant, son utilisation soulève aussi des questions éthiques, comme dans le cas controversé des « bébés CRISPR », où des modifications génétiques ont été réalisées sur des embryons humains.

Pour identifier le système ART, Anthropic a utilisé Claude, son modèle d'IA, comme un outil d'exploration automatisée. Les chercheurs ont lancé 950 « agents » autonomes qui ont analysé une base de données contenant près de 2 milliards de groupes de protéines. Cette approche a permis de repérer une structure répétitive inhabituelle associée à une transcriptase inverse, un travail que les auteurs estiment impossible à réaliser aussi rapidement par des humains. L'entreprise souligne ainsi le potentiel des grands modèles de langage (LLM) pour accélérer la recherche en biologie, en particulier pour explorer des masses de données génétiques encore inexplorées. Cependant, cette méthode ne remplace pas l'expertise humaine, notamment pour comprendre la fonction réelle des systèmes découverts.

La découverte d'Anthropic a suscité des réactions mitigées au sein de la communauté scientifique. Certains chercheurs, comme Feng Zhang (pionnier de l'édition génomique par CRISPR et professeur au MIT), jugent l'identification des répétitions associées aux transcriptases inverses « vraiment intrigante » et estiment qu'elle mérite d'être approfondie. D'autres, comme Lucas Harrington (chercheur en biotechnologies et cofondateur de Mammoth Biosciences), soulignent que la partie la plus difficile reste à venir : comprendre la fonction réelle de ce système. Harrington critique également l'annonce prématurée d'Anthropic, estimant qu'il serait préférable d'attendre des résultats plus concrets avant de présenter cette découverte comme majeure. D'autres scientifiques, comme Alex Harding (médecin et ancien responsable de CRISPR Therapeutics), vont plus loin en qualifiant cette annonce de non pertinente, rappelant que des séquences similaires à CRISPR existent déjà dans de nombreux génomes sans pour autant représenter une avancée majeure.

La découverte d'Anthropic n'a pas encore été validée par des pairs, car elle est présentée sous forme de prépublication, c'est-à-dire une étude non revue par d'autres scientifiques avant sa publication. La Société Française de Génétique a refusé de se prononcer sur ces travaux, soulignant que l'étude, longue de 40 pages, n'a pas encore été évaluée par des experts indépendants. De plus, Anthropic a déjà été critiqué pour avoir annoncé des découvertes avant leur validation, comme en juillet 2026, où l'entreprise affirmait que Claude avait identifié deux failles cryptographiques inédites. Certains chercheurs, comme Ravid Shwartz Ziv (chercheur en IA chez Meta), estiment que l'annonce d'Anthropic est prématurée, notamment dans un contexte où l'entreprise prépare une introduction en Bourse prévue pour mi-octobre 2026. Enfin, Anthropic précise que des expériences sont en cours pour comprendre la fonction du système ART, mais sans donner de calendrier précis.